Academy City spielt in der gleichnamigen Stadt die etwa dreifache Größe Tokyos besetzt und der übrigen Welt um etwa 20 Jahre Forschung vorraus ist. Doch das eigentliche Erschaffen der Stadt war Teil eines PRojekts, das dort hauptsächlich an Jugendlichen durchgeführt wird. Experimentiert wird mit dem menschlichen Gehirn und es hat sich herausgestellt, dass man mit Hilfe von Hypnose und neuartigen Medikamenten in den Menschen bestimmte Fähigkeiten wecken kann. Menschen, die eine solche Fähigkeit entwickelt haben, nennt man Esper. Diese ordnen sich nun, je nach ihrer Stärke in den Leveln 0-5 ein, von den Stärksten dieser, den Level fünf existieren bisher nur sieben Stück in der gesamten Stadt. Doch die Wissenschaft geht weiter und man hat es sich zum Ziel gemacht einen Level 6 zu erschaffen. Geschehen soll dies, mit Experimenten an den Level 5 doch genaueres ist noch nicht bekannt.